ウィザーズ・ブレイン

大気制御プラントの暴走と戦争により、人類は滅亡の危機に瀕していた。 存在の『情報』を書き換えることで、物理法則すら操る《魔法士》の少年、天樹錬は、世界にただ七つ残された閉鎖型都市《シティ》のひとつ、

ヒマラヤ山脈上空2万メートルに浮かぶ極秘の研究施設――そこは自らの肉体を変化させて戦う特殊な魔法士《龍使い》の実験場だった。 フリーの便利屋《魔法士》ヘイズは、施設に潜入し実験データとサンプルを持ち帰るという依頼を受ける。

《マザーシステム》暴走によるシティ・神戸崩壊から3ヶ月。 北米のシティ・マサチューセッツは、簡易型の《魔法士》量産に成功した研究機関《ウィザーズ・ブレイン・ファクトリー》と軍の、奇妙な共同統治下にあった。

《マザーシステム》暴走によるシティ神戸崩壊から4ヶ月。 便利屋を営む《魔法士》錬とフィアは、調査に訪れたスイスの古い地下実験施設で一人の少年と出会う。 少年の名はエドワード・ザイン。

シティ・ロンドンから、《世界樹》発芽に関するデータを盗み出した錬とフィア。 だがフィアは、目の前で倒れたファンメイを見捨てる事が出来ず、一緒に連れ帰ってしまう。

ヨーロッパで錬とフィアが《世界樹》を巡る事件に巻き込まれている頃、シティ・マサチューセッツを脱出した祐一、ディー、セラの三人は、《賢人会議》の正体を探るため、崩壊してしまったシティ・メルボルン跡地の地下都市を訪れていた。

祐一、ディー、セラの協力を得て、サクラと真昼は、《賢人会議》に身を寄せる魔法士の子供たちを連れ、シティ・メルボルン跡地からの脱出を計画する。

シティの要《マザー・システム》の秘密を全世界に告発した賢人会議は、全シティに対し宣戦を布告。 不安定な情勢の中、天城練は行方不明の兄と姉を探すためにシティ・ニューデリーに潜入する。

《マザー・システム》の是非を問う公開討論会に出席するアニルは、錬に自分の警護を依頼する。 アニルの人間性に触れるうち、練はアニルが《マザー・システム》を推進しようとする事に疑問を持ち始める。

《マザー・システム》は魔法士の犠牲の上に成り立っている―― 《賢人会議》の主張が真実であるとアニルが認めたことで紛糾する、シティ・ニューデリー中央招集会議。 だがそこに現れた真昼は、さらなる恐るべき事実を、全世界に突き付けた！

《シティ・ニューデリー》の事件から一月。サクラ、真昼ら《賢人会議》は、軍事演習のため北極に展開するシンガポール自治軍と接触を図る。

謎の空間転送に巻き込まれた錬たちが目覚めたのは、大気制御衛星の中だった。 一方、エドとセラを連れ北極を彷徨うファンメイは、北極の地下に眠る大規模施設に潜伏する老人たちに捕らえられてしまう。

北極上空の大気制御衛星内に転送されてしまった錬たちは、アルフレッド・ウィッテンの遺した日記を発見する。 そこには魔法士誕生の秘密と、ウィッテンの苦悩が綴られていた。

北極衛星の事件から半年。世界中から魔法士の亡命を受け入れることでシティに匹敵する戦力を有するに至った賢人会議は、ついにシティ・シンガポールと正式な同盟を締結することになった。

シティ・シンガポールと賢人会議の歴史的同盟締結を前に、凶弾に倒れてしまった参謀の真昼。 厳重な警備が敷かれた病院に真昼は収容され、刻一刻と調印式の時間が迫りつつあった。

シティ・シンガポールと賢人会議の同盟締結に反対する者たちにより、入院先の病院から拉致された参謀の天樹真昼。 一方、数万人に膨れあがった反対派のデモは、魔法士たちが滞在する迎賓館を包囲しつつあった。

「我々はこの地球上からI-ブレインを持たない人類を一人残らず駆逐し、魔法士たちのための王国を作り上げる」 魔法士と人類の共存を夢見た、賢人会議の参謀・天樹真昼の死によって、和平交渉は決裂。

人類の生き残りによる『シティ連合』と魔法士たちの組織した『賢人会議』。対立する両勢力は南極大陸で激突し、世界の運命を左右する大気制御衛星は賢人会議代表のサクラの手に渡った。

「ぜったい、ぜったいなんとかなるの！」 人類と魔法士の戦争は続いており、戦いの趨勢は、雲除去システムをどちらの陣営が起動させるかにかかっていた。

『僕は逃げも隠れもしない。ただここで、みんなの答を待ってる』 天樹錬が全世界に向けて雲除去システムの破壊を宣言したことで、全ての者は立場を決めることを求められた。